L’environnement est un enjeu majeur pour l’Allier. Il a subi divers bouleversements au fil du temps, façonné tour à tour par les changements climatiques et la main de l’homme.
Le patrimoine naturel a permis le développement d’activités diverses en harmonie avec la préservation d’une faune et d’une flore exceptionnelles.

Les vallées sauvages

L’Allier et la Loire sont considérés comme les cours d’eau les plus sauvages d’Europe.
Profitant ici d’un relief très doux, ils tracent leurs cours librement, imposent leurs méandres, leurs « boires », leurs plages de galets et de sables, les îles et leurs ripisylves à base de peupliers et saules argentés.

Les gorges

Creusées par les rivières Sioule, Bouble et Haut Cher, dans les terrains très anciens des contre-forts du Massif central, les gorges sont des milieux très préservés en raison de leurs accès difficiles, dûs aux fortes pentes et abrupts rocheux.

Elles offrent des paysages pittoresques et abritent certaines espèces rares qui ont pu se maintenir ou réapparaître. Jeunes truites ou ombres feront le bonheur des pêcheurs.

Les tourbières de la Montagne bourbonnaise

Milieux reliques des glaciations de l’ère quaternaire, les tourbières constituent l’apanage de la Montagne bourbonnaise, où elles sont installées sur des ruptures de pente, au niveau d’une source comme celle de la Besbre, ou sur le parcours d’un ruisseau comme celui de l’Etui ou du Sapey. Elles abritent notamment une flore particulièrement riche, la rare Andromède et la Droséra.

Le bocage

Un bocage est un terroir aux champs et aux prés cloisonnés de haies.
Les haies bordent aussi les chemins, ruisseaux, fossés.
Ce milieu caractéristique joue un rôle majeur dans le maintien de la richesse biologique. Il couvre à lui seul les trois quart du territoire départemental. Il se caractérise par une prédominance de la prairie, l’importance des arbres isolés gardés pour l’ombre du bétail, et la conduite de beaucoup de haies en clôtures basses, taillées sur le dessus.

Les forêts

Chiffres clés : 
L’ensemble des massifs représente environ 122 000 ha soit 17% du territoire du département.
Les résineux sont relativement absents du paysage de l’Allier puisqu’ils ne représentent que 18% de la surface totale.
Les propriétaires privés sont majoritaires (78%). Toutefois, il est possible de dénombrer 14 forêts domaniales dont la plus importante est celle de Tronçais qui est la première Chênaie d’Europe avec ses arbres atteignants 30 m de haut.

Les forêts de la Montagne bourbonnaise sont quant à elles bien différentes, mais n’en sont pas moins riches. Elles sont essentiellement composées de sapins, voire de pins sylvestres et entrecoupées d’espaces ouverts : landes, prairies, …

Les étangs et les mares

L’Allier est un département riche de plus de 1000 étangs, dont plus de la moitié en Sologne bourbonnaise.
Les plus vastes, situés en forêt de Tronçais, ont été aménagés il y a moins de deux siècles pour réguler l’alimentation en eau du canal du Berry ou pour apporter la force motrice nécessaire au fonctionnement des forges de Tronçais.

Les mares constituent elles aussi des milieux remarquables à préserver, malgré la disparition de près de la moitié de leur effectif depuis 1950.

Les canaux et les moulins

En opposition avec les deux rivières sauvages que sont la Loire et l’Allier, trois ouvrages hydrauliques majeurs constituent des éléments identitaires forts : 
• Le canal latéral à la Loire dont la construction s’est achevée en 1838, s’écoule de Briare à Digoin en traversant le nord est du département sur 55 Km. 
• Le canal de Roanne à Digoin qui constitue le prolongement du canal latéral dans le sud est du département sur près de 20 Km.
• Le canal du Berry qui longe le Cher sur 26 Km à partir de Montluçon