Naturels ou façonnés par l'homme, les milieux aquatiques constituent une richesse de premier plan pour l'économie du département.
Les cours d'eau du département constituent une mosaïque d'écosytèmes variés où résident une flore et une faune remarquables. La main de l'homme a également pu les façonner pour des usages économiques et récréatifs.
Creusées par les rivières Sioule, Bouble et Cher, dans les terrains très anciens des contreforts du Massif Central, les gorges sont des milieux très préservés en raison de leur accès difficile, dû aux fortes pentes et abrupts rocheux.
Le département de l’Allier possède plus de 100 km de canaux dont 80 sont ouverts à la navigation. Ces ouvrages majeurs constituent des éléments identitaires forts.
Les zones humides ont un rôle irremplaçable dans le cycle de l’eau, elles auto-épurent, régularisent le régime des eaux, réalimentent les nappes souterraines.
L’Allier et la Loire sont considérés comme les cours d’eau les plus sauvages d’Europe.
L’Allier est un département riche de plus de 1 000 étangs, dont plus de la moitié en Sologne Bourbonnaise où leur origine remonte, pour la plupart, au Moyen-Age, époque à laquelle ils ont été aménagés par des moines.